角膜瓣的问题:
    手术后，有关角膜瓣的问题包括﹕角膜瓣位置、起皱折或折叠；这些问题通常在LASIK后24小时内，上皮还未盖过切口前发生。所以，病人睡觉时应戴上保护眼罩，这样可以预防他搓揉或压迫到眼睛。如果病人觉得很不舒服，而且眼睑也会磨擦到上皮伤口的话，可以装配拋弃式隐形眼镜保护伤口，直到上皮层恢复正常。
    手术后24小时，是病人的第一次复诊检查，如果有视力模糊、眼睛红、痛或分泌物时，要立刻至医生处就诊。
    皱纹(Wrinkle)：
    可能肇因有数个，其一医生手术切割角膜瓣太薄，，另有可能为患者自身不自觉揉搓眼皮造成，三为不正常愈合，四为医生本身盖回上盖时动作不正确，无论成因为何，均要立刻掀开角膜瓣重新润滑整理平整盖回，症状为病人感觉视力突然恶化 ，需请医生立刻找出原因.若等到角膜瓣愈合后，即形成永久性皱纹。
    中心小岛的问题：
    手术后一个月，角膜可能会有中心陡化的趋势形成中心小岛（central steepening），角膜中心1.5mm的区域内，有1.5D以上的陡化现象，即定义为central islands。症状包括鬼影或单眼双影。医生可能会在三个月后，再使用激光来治疗这些区域。
    不规则散光及相关的最佳视力损失问题
    LASIK最常见的问题，就是不规则散光及相关的最佳视力损失。原因包括，不规则角膜瓣、角膜瓣不吻合、上皮内生、及激光切割偏位不规则，这些都会引起不规则散光。手术后两三天内一般会有不规则散光，若视力开完一阵正常但一周后开始看不清楚，且有加剧趋势，可能为不正常之愈合造成，此可能为中心小岛 ( central island) 现象或Wrinkle或因早期机器无自动对准功能术中眼睛转动也会造成激光打歪造成不规则散光，另一个引起不规则散光的因素，是角膜瓣下分界面的轻微不吻合。
    在眼睛屈光状况未完全稳定前，矫正效果衰退、矫正过度、不足及规则散光，都可以暂时用普通眼镜解决。大部分医生会等到三个月后，才再治疗这些情形。若角膜够厚，则可于三个月内再次以先进机器，依角膜地形图手术;常人愈合过程皆有疤痕，所以医生所给的FML，类固醇药水，就在减轻不正常之快速愈合。
    上皮细胞内生
    可能是手术中有角膜上皮细胞脱落，并附着在基质层上﹔如果发生在外围，只要是定期检查即可，如果是发生在中间，，患者会有突然性视力模糊，可掀起盖子，清洗后盖回即可。
    干眼症
    有人说是因为切角膜瓣时神经被切断，所以泪腺以为角膜组织较少所以分泌较少眼泪，基于这种说法，再次手术时最好在角膜瓣还没全合起来就做，不过大部分干眼症会慢慢好，医生会先塞住鼻泪管，让眼泪只能在眼框。不过干眼症会引起角膜变形，而且一但有干眼症，每天到黄昏时眼睛疲累且泪液分泌较少，只好点人工泪液，一天十几次睡觉起来两眼红肿，也相当不便。
    感染
    出血或溃烂，都会导致失明需角膜移植，成因多和不洁侵入物有关，所以术后眼睛不可碰水一周，一月不可游泳。